El primero de enero de 1937, entró en vigor la Ley de Justicia Fiscal y con ella inician las actividades del entonces Tribunal Fiscal de la Federación. Conforme a lo dispuesto por esta Ley, el Tribunal estaba integrado por 15 magistrados que podían actuar en Pleno o a través de cinco Salas; las cuales estaban formadas por tres magistrados cada una. La competencia que les asignó el Legislador era en materia estrictamente fiscal, conociendo de las controversias que se suscitaban de actos o resoluciones emitidas por autoridades fiscales.
Un año después de haber entrado en vigor la Ley de Justicia Fiscal, fue derogada por el Código Fiscal de la Federación de 1938, conservando igual competencia para el Tribunal, misma que a través de leyes especiales se fue ampliando. Así en el año de 1942 la Ley de Depuración de Créditos otorga competencia para conocer de esta materia a cargo del Gobierno Federal.
De igual manera, la competencia del Tribunal también se amplía al conocer sobre la legalidad de los requerimientos de pago realizados por la Secretaría de Hacienda y Crédito Público; exigir fianzas otorgadas a favor del Gobierno Federal; conocer las controversias que surgían por las resoluciones emitidas por el Instituto Mexicano del Seguro Social; sobre las resoluciones fiscales emitidas por el Departamento del Distrito Federal; respecto a las aportaciones que los patrones están obligados a efectuar para el establecimiento de las Escuelas Artículo 123; de controversias en materia de pensiones militares; de las controversias que surjan por las aportaciones que deben hacer los patrones conforme a la Ley del Instituto del Fondo Nacional de la Vivienda para los Trabajadores; respecto a la interpretación de contratos de obra pública; sobre resoluciones que fincan responsabilidades en contra de funcionarios o empleados de la Federación o del Departamento del Distrito Federal; en materia de multas por infracciones a las leyes federales o del Distrito Federal; y, en materia de pensiones civiles con cargo al Erario Federal o al Instituto de Seguridad y Servicios Sociales para los Trabajadores del Estado.
Para el año de 1946, se crean dos Salas más, que aumenta el número de magistrados a veintiuno.
En el año de 1967 se expide una nueva Ley Orgánica del Tribunal Fiscal de la Federación, en la que se previeron los aspectos orgánicos del propio Tribunal, incrementándose a veintidós magistrados, integrando las siete Salas que ya existían, más el Presidente que no integraría Sala, asimismo se establecían las normas relativas a la competencia que tenían asignada, conservando el Código las correspondientes al procedimiento. Se introduce el concepto de Organismos Fiscales Autónomos y se otorga al Tribunal facultades para conocer de los juicios de lesividad.
A esta Ley la sustituye una nueva que se expide con el mismo nombre en el año de 1978 y en la que se prevé la Regionalización del Tribunal, creándose las Salas Regionales y la Sala Superior, precisándose la competencia de ambas la diferencia era fundamentalmente respecto a la cuantía del asunto; asimismo se prevé el recurso de revisión, con el que se otorga a la Sala Superior facultades para revisar las sentencias dictadas por las Salas Regionales.
Es en 1983 cuando se expide un nuevo Código Fiscal, conservando básicamente las normas procesales en los mismos términos. Posteriormente se incluyen en este ordenamiento las disposiciones relativas a la queja, para lograr el adecuado cumplimiento de las sentencias.
Posteriormente en el año de 1988, se modifica el Código Fiscal y la Ley Orgánica del Tribunal, con el objeto de promover la simplificación administrativa, y se suprime la competencia que hasta ese entonces otorgaba la Ley para que la Sala Superior revisara las resoluciones de las Salas Regionales a través del recurso de revisión.
En los años siguientes aparecen diversas leyes que otorgan competencia al Tribunal. En materia de comercio exterior, para conocer en juicio de las resoluciones recaídas respecto al recurso de revocación previsto en la Ley de la materia, así como de las resoluciones recaídas al recurso de revisión que contempla la Ley Federal de Procedimiento Administrativo.
Para 1996 entra en vigor la Ley Orgánica del Tribunal Fiscal de la Federación, conservando su nombre y la competencia, pero modificando la integración de la Sala Superior de nueve magistrados a once, así como su forma de operación a través de Pleno o Secciones. Estas últimas conforme a la Ley son dos y se integran cada una con cinco magistrados.
Es a finales del año 2000 cuando el Congreso de la Unión aprueba las reformas en materias trascendentales para el Tribunal, como son: en primer lugar el cambio de nombre de la Ley Orgánica y del nombre de la Institución, por el de Tribunal Federal de Justicia Fiscal y Administrativa, reflejando con ello la competencia que a través de los casi 65 años de existencia se le ha ido asignado, así como la que adicionalmente el propio Decreto de reformas le otorga señalando competencia para conocer de los juicios que se promuevan contra las resoluciones dictadas por las autoridades que pongan fin a un procedimiento administrativo, a una instancia o resuelvan un expediente en los términos de la Ley Federal de Procedimiento Administrativo. Asimismo se le proporcionan facultades al Pleno para determinar las regiones y el número y sede de las Salas, así como la forma de integrar jurisprudencia al resolver contradicciones de las resoluciones de las Secciones o de las Salas Regionales.
Las reformas a la Ley Orgánica del Tribunal Fiscal de la Federación y al Código Fiscal de la Federación, en el (Diario Oficial de la Federación del 31 de diciembre de 2000).
Conforme al primer ordenamiento citado, se reformó la denominación de Tribunal Fiscal de la Federación por la de Tribunal Federal de Justicia Fiscal y Administrativa, y además se volvió a reformar la fracción XIII del artículo 11 de esa ley, con el fin de establecer la competencia, no sólo para resolver los juicios en contra de resoluciones que concluyan el recurso de revisión de la Ley Federal de Procedimiento Administrativo, sino también para conocer de las controversias respecto de los actos dictados por las autoridades administrativas, que pongan fin a un procedimiento administrativo, a una instancia o resuelvan un expediente, en los términos de la referida ley procedimental; asimismo se incorpora la competencia para conocer demandas contra resoluciones negativas fictas configuradas en las materia que son de la competencia de dicho tribunal.
Además se facultó a la Sala Superior para determinar la jurisdicción territorial de la salas regionales, así como su número y sede; y, por último, se modificó la competencia territorial de las salas regionales, en cuanto que ahora serán competentes para conocer del juicio, aquellas en donde se encuentre la sede de la autoridad demandada.
En cuanto a las reformas del Código Fiscal de la Federación, entre otras tenemos las siguientes: a) se cambia el nombre de Procedimiento Contencioso Administrativo por el de Juicio Contencioso Administrativo; b) que el actor debe señalar domicilio para oír y recibir notificaciones en la jurisdicción de la sala regional, y de no hacerlo las notificaciones se le harán por lista; c) se establece como facultad de las salas, y a petición de parte, el otorgamiento de la suspensión de la ejecución del acto impugnado; d) se establece la posibilidad de señalar domicilio electrónico para recibir notificaciones; e) se establece que en la sentencia se podrá declarar la existencia de un derecho subjetivo, cuando previamente se pruebe su existencia, y condenar al cumplimiento de una obligación, además anular la resolución impugnada; g) se le otorga al pleno de la Sala Superior la facultad para establecer jurisprudencia por contradicción de tesis.
El proyecto de la Ley Federal de Procedimiento Contencioso Administrativo tiene su base en el actual procedimiento previsto en el título VI del Código Fiscal de la Federación, al cual se le hicieron las adecuaciones que se estimaron pertinentes para establecer un nuevo procedimiento, que sea ágil, seguro y transparente.